Dentre os principais instrumentos de apoio administrados pela CODIN, destacam-se os Programas de Financiamento, criados no âmbito do Fundo de Desenvolvimento Econômico e Social – FUNDES, e os Programas de Incentivos Fiscais. Todos os setores industriais são contemplados pelo Programas de Financiamento, assim como as Regiões menos desenvolvidas do Estado. Os incentivos fiscais estão voltados, principalmente, para os setores considerados estratégicos da economia fluminense.